1998: TYM trở thành một đơn vị độc lập trực thuộc Đoàn Chủ tịch Trung ương Hội LPHN Việt Nam sau khi tách khỏi ban Gia đình – Đời sống. Sự chuyển đổi này đã minh chứng cho tính bền vững của chương trình và sự vượt khó của thành viên, cán bộ TYM. Từ đây, Quỹ Tình thương đã hoạt động với bộ máy tổ chức riêng, có con dấu, tài khoản riêng và có các cán bộ chuyên trách ở Văn phòng trung ương.
Nhờ những đóng góp tích cực của tổ chức, giai đoạn này, TYM đã vinh dự được nhận Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ về “Những thành tích xuất sắc của TYM trong công tác xóa đói giảm nghèo” (1999) và Huân chương lao động hạng Ba (2002).